हालांकि, कई डिप्टी म्युनिशिपल कमिश्नर और म्युनिशिपल कमिश्नर के ट्रांसफर के चलते महाराष्ट्र की सरकार ने आपत्ति जताई है। चुनाव आयोग ने राज्य की सरकारों से कहा, चुनाव से संबंधित उन अधिकारियों का ट्रांसफर कर दिया जाए जोकि 3 साल से अधिक का वक्त अपने होग डिस्ट्रिक्ट में बिता चुके हैं। सूत्रों ने बताया कि निर्वाचन आयोग ने बृहन्मुंबई महानगरपालिका के आयुक्त इकबाल सिंह चहल, अतिरिक्त आयुक्तों, उपायुक्तों को हटाने का आदेश दिया। आयोग ने पश्चिम बंगाल के पुलिस महानिदेशक (डीजीपी) को हटाने का भी आदेश दिया।

साथ ही मिजोरम और हिमाचल प्रदेश के सामान्य प्रशासनिक विभागों के सचिवों को हटा दिया गया है। लोकसभा चुनाव के कार्यक्रम की घोषणा के कुछ दिनों बाद आयोग ने बृह्नमुंबई महानगर पालिका के आयुक्त इकबाल सिंह चहल, अतिरिक्त आयुक्तों और उपायुक्तों को हटाने का भी आदेश दिया। आयोग ने सभी राज्य सरकारों को निर्देश दिया था कि वे चुनाव संबंधी कार्यों से जुड़े उन अधिकारियों का तबादला करें, जिन्होंने (पद पर) तीन साल पूरा कर लिया है या अपने गृह जिलों में तैनात हैं। महाराष्ट्र ने कुछ नगर निगम आयुक्तों, अतिरिक्त आयुक्तों और उपायुक्तों के संबंध में निर्देशों का पालन नहीं किया था।

आयोग ने नाखुशी जताते हुए महाराष्ट्र के मुख्य सचिव को सोमवार शाम छह बजे तक रिपोर्ट देने के निर्देश के साथ ही बीएमसी के आयुक्त और अतिरिक्त आयुक्तों एवं उपायुक्तों का स्थानांतरण करने का आदेश दिया। मुख्य सचिव को महाराष्ट्र में समान रूप से पदस्थापित सभी नगर निगम आयुक्तों और अन्य निगमों के अतिरिक्त आयुक्तों या उपायुक्तों को स्थानांतरित करने का भी निर्देश दिया गया है। यह आदेश मुख्य निर्वाचन आयुक्त (सीईसी) राजीव कुमार और निर्वाचन आयुक्तों – ज्ञानेश कुमार और सुखबीर सिंह संधू के बीच सोमवार को यहां हुई बैठक के बाद आया है।